Klirong-Suatu Organisasi akan berjalan dengan baik apabila proses reorganisasinya pun berjalan dengan baik. Organisasi Siswa Intra Sekolah ( OSIS ) MTs Negeri Klirong belum lama ini telah melaksanakan proses reorganisasi kepengurusan OSIS. Proses reorganisasi diawali dengan pencalonan para kandidat ketua OSIS. Dari 67 calon diseleksi menjadi 30 calon. Kemudian diambil tiga pasang kandidat Ketua OSIS MTs Negeri Klirong. Tiga pasang kandidat calon ketua dan wakil ketua tersebut adalah Firda Steviana berpasangan dengan Rizal Maulana, Mohammad Farid Ali Akbar berpasangan dengan Neli Syifain Nikmah dan Fatma Syifa Nabila Aulia yang berpasangan dengan Anas Faoji. Para kandidat ini merupakan anak-anak yang berprestasi baik akademik maupun non akademik. Neli Syifain Nikmah juara III KSM tingkat MI. Mohammad Farid Ali Akbar juara I hadroh beregu, Firda Steviana juara III pidato Bahasa Indonesia dan Rizal Maulana juara di kelasnya.

Pemungutan suara dilaksanakan pada hari Selasa, 13 Oktober 2015. Sehari sebelumnya para kandidat telah menyampaikan visi misinya dan dilanjutkan proses kampanye oleh para jurkam masing-masing. Ketua OSIS lama Ahmad Yazid Attabi' berharap agar pengurus OSIS yang akan datang menjadi pengurus yang lebih baik dan kepada seluruh siswa agar menggunakan haknya untuk memilih ketua OSIS. Dalam sambutannya Kepala Madrasah Mohammad Siswanto, M.Pd.I menyampaikan bahwa pemilihan ketua OSIS merupakan wahana yang tepat untuk menempa peserta didik dalam berorganisasi kelak di masyarakat. Pemungutan suara pemilihan ketua OSIS memegang prinsip demokrasi yakni langsung, umum, bebas, dan rahasia. Pelaksanaannya pun berjalan dengan tertib. Hasil perolehan suara masing masing adalah Pasangan Firda Steviana - Rizal Maulana memperoleh 151 suara, pasangan Mohammad Farid Ali Akbar - Neli Syifain Nikmah memperoleh 559 suara dan Fatma Syifa Nabila Aulia yang berpasangan dengan Anas Faoji memperoleh 110 suara. Dari hasil proses pemungutan suara maka ditetapkan pasangan Mohammad Farid Ali Akbar - Neli Syifain Nikmah sebagai ketua dan wakil ketua OSIS perode 2015-2016.

Pelantikan pengurus OSIS dilaksanakan padahari Senin, 19 Oktober 2015 oleh Kepala Madrasah. Agenda selanjutnya adalah Latihan Dasar Kepemimpinan bagi pengurus OSIS baru. LDK ini dilaksanakan dua hari yakni hari Sabtu dan Minggu 7-8 November 2015. Tutor dalam LDK ini adalah Kepala Madrasah dan para guru yang berkompeten dalam materi kepemimpinan. Kepala Madrasah berharap akan terbentuknya karakter kepemimpinan dalam diri setiap siswa sehingga mereka nantinya dapat lebih maksimal dalam menjalankan roda organisasi di madrasah dan tumbuh jiwa-jiwa kepemimpinan serta mampu meneladani sifat kepemimpinan Rasulullah SAW.